荆门市疾病预防控制中心成立于2002年12月，是政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。市疾控中心的前身是成立于1953年的荆门市卫生防疫站，1998年6月国家推行疾控监督体制改革，经荆门市编委批准，原市卫生防疫站加挂市卫生监督局牌子，实行“一套班子、两块牌子”的运行模式。2001年9月，市编委以荆机编〔2001〕51号文批复，同意荆门市卫生防疫站与荆门市卫生监督局分设，并将市卫生防疫站更名为市疾病预防控制中心。2004年12月，全省血防机构改革，市血吸虫病防治所又并入到市疾控中心。
现有工作场所有中心本部、美沙酮门诊（原血防所）两处。其中本部建筑占地6545平方米（9.83亩），包括实验大楼、健康体检中心、预防接种门诊、预防性健康体检门诊四幢建筑，原血防所2807平方米（4.2亩）。现有房屋建筑面积15495.51平方米,其中:业务用房12747.25平方米,其他用房面积2748.26平方米。
中心现有编制人数116人，实际在岗职工143人，在编在岗职工110人，编外聘用人员33人，退休人员65人。专业技术人员中正高职称4人，副高职称16人。中心近十年引进全日制博士1名，硕士12名。
中心现内设15个科所室：办公室（人事科）、计划财务科、总务科、质量管理科、传染病防制所（性病艾滋病防制所）、结核病防治所、血吸虫病防制所、健康教育所、卫生监测检验所、病原微生物检验所、健康体检中心、职业卫生与中毒控制所（卫生科）、免疫规划所、消毒杀虫与病媒生物防制所、预防医学信息所，机构级别相当于副科级。
根据原卫生部《各级疾病预防控制机构基本职责》（卫疾控发〔2008〕68 号）规定，市疾控中心承担7项基本职责、26 项工作任务、78 项工作项目和266 项工作内容。
近年来，中心凝心聚力谋发展，疾控工作取得重大进展。2014年，“国家食品安全风险监测湖北中心荆门分中心”挂牌，成为全省的七个分中心之一；2015年“荆门市健康管理中心”挂牌，“省级艾滋病确证实验室”顺利通过验收；2017年，中心重金属实验室成功创建为首批湖北省食品安全风险监测重点实验室。中心岗位技术能手在全省乃至全国传染病防控、卫生检测、卫生应急等专项竞赛中，历次获得团体奖项和个人奖项。